Një nga monumentet shumë të bukura për tu vizituar në Butrintin antik është dhe Baptisteri, ose monumenti i pagëzimit. Ai gjendet ndërmjet dy monumenteve të tjera po kaq të vizitueshme nga turistët vendas dhe të huaj siç janë Teatri antik dhe Bazilika mesjetare.
Baptisteri paraqet një ndërtim me planimetri rrethore, me diametër rreth 13,50 m që i brendashkruhet një katrori. Në qendër ndodhet vaska e Pagëzimit e cila rrethohet nga dy unaza koncentrike të përbëra me nga 8 kolona secila. E gjithë dyshemeja është e shtruar me mozaik, shumë të bukur, ku dominojnë katër ngjyra të gurëve të marra nga zonat përreth me të cilat janë realizuar figura të tilla që e veçojnë nga elementët e tjerë të monumentit.
Kompozimi i tij është shtruar në harmoni me kompozimin arkitektonik të sallës. Në kompozimin e mozaikut është ruajtur koncepti i rrathëve koncentrikë, duke krijuar 7 unaza të tilla. Çdo unazë përbëhet nga medalionet të gërshetuar njëri me tjetrin, fusha e të cilave përmban motive zoomorfe, bimore dhe gjeometrike.
Në pjesën e kalimit nga hyrja perëndimore për në vaskën e Pagëzimit unazat janë ndërprerë nga skena e Eukaristisë e përfytyruar me një kantar të madh mbushur me degë hardhie, anash të cilit qëndrojnë dy pallonj, ndërsa poshtë tij zogj që çukisnin vilet e rrushit. Sipër kësaj skene është vizatuar skena e pagëzimit.
Kisha pranë Baptisterit ka pësuar rindërtime të herëpashershme. Studimet e Kishës kanë vënë në dukje se faza e parë e ndërtimit është e njëkohshme me Baptisterin në shek. VI. Faza e dytë i takon shek XI, ndërsa e treta i përket shek. XIII- XIV ku kisha është pajisur me kambanare. Baptisteri është një monument që e rrit kuriozitetin dhe kërshërinë e vizitorit për ta parë dhe zbuluar atë si një vlerë e shtuar e qytetit antik të Butrintit.